Die JavaScript Zusammenführung benötigt manchmal Anpassungen wie das Verändern von Position und Reihenfolge, oder die Aktivierung des defer-Attributes. Dies ist immer abhängig von der Programmierung des Themes und der genutzten Plugins. In den meisten Fällen sollte es ausreichen JavaScript in den Fuß-Bereich (Footer) zu setzen und externes JavaScript zuerst zu laden. Unter Umständen ist es jedoch auch nötig externes JavaScript nach lokalem JavaScript zu platzieren oder ihn in den Header zu verschieben.
JavaScript Zusammenführung ist ein "trial and error" Prozess.