Die Validierung in Google Search funktioniert problemlos via Meta-Tag oder via .html-Datei. Solltest du die Validierung via Google Analytics-Code durchführen wollen, kann dies zu Problemen führen.
Du kannst versuchen, die Einstellung Cookies für Bots/Crawler zu aktivieren. Sollte das nicht funktionieren, wirst du auf die anderen genannten Validierungsmöglichkeiten zurückgreifen müssen.